会社が給与から差し引く源泉税額はその社員に対する1年間の所得税を正確に引いているわけではなく、概算で給与から差し引いています。そのため、1年間の間に給料から差し引かれた所得税の額は、必ずしもその人が1年間に納めるべき税額とはなりません。1年間に源泉徴収した所得税の合計額と各社員の方々が1年間に納めるべき所得税額は一致させる必要があり、これらの税額を精算する手続を年末調整といいます。

年末調整では、その人に1年間に支払う給与の額を合計して、次の順序で行います。

①各社員の方々が会社より交付される扶養控除等申告書・保険料控除申告書兼配偶者特別控除申告書を記入し、会社に提出します。
②1年間の給与の合計額より給与所得特別控除後の給与所得金額を求めます。
③給与所得控除後の給与の額から扶養控除、生命保険料控除などの所得控除を差し引きます。
④この所得控除を差し引いた金額に所得税の税率を乗じて税額を求めます。
⑤年末調整で住宅借入金等特別控除を行う場合には、この税額から控除額を差し引きます。
⑥税額が確定し、多く納めすぎていた場合は還付を受け、少なかった場合は追加で徴収されます。