還付金は申告書の提出と同時返ってくるものではなく、申告書の提出後1ヶ月から2ヶ月程後に銀行振込又は郵便局に取りに行く方法で還付されます。したがって、還付加算金とはその申告書の提出から還付までの期間の利息のようなものです。

計算方法については税法に定められた起算日から支払決定日、または充当日までの期間に年7．3％（特例基準割合が7.3％に満たない場合には、特例基準割合（貸出約定平均金利+1％））の割合で加算されます。